Tras el cierre de la Fase de Grupos, la Liga 2 ingresó a su etapa de definición con las llaves de cuartos de final ya establecidas. Los cruces fueron programados entre el 4 y 5 de octubre, en partidos únicos, según el reglamento oficial.
Los emparejamientos se determinaron por posición en tabla y ubicación de grupo. Los equipos que terminaron segundos y terceros en sus grupos avanzaron a esta nueva fase y el la Localia se determinó según el desempeño en una tabla única. Así, Comerciantes FC será local ante Universidad César Vallejo en Iquitos, mientras que CD Moquegua recibirá a ADA Jaén en el estadio 25 de Noviembre.
Los ganadores de estas llaves avanzarán a las semifinales, que se disputarán entre el 11 y 19 de octubre, en duelos de ida y vuelta. En paralelo, se definirá el repechaje y el subcampeonato.
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Llaves oficiales de Cuartos de final
- Comerciantes FC (2° Grupo B) vs Universidad César Vallejo (3° Grupo A)
- CD Moquegua (2° Grupo A) vs ADA Jaén (3° Grupo B)
Esperan en semifinales:
- Unión Comercio (1° Grupo B) espera al ganador de la llave de CD Moquegua (2° Grupo A) vs ADA Jaén (3° Grupo B).
- FC Cajamarca (1° Grupo A) espera al ganador de la llave Comerciantes FC (2° Grupo B) vs Universidad César Vallejo (3° Grupo A)
Estos dos clubes avanzaron directamente a semifinales por haber liderado sus respectivos grupos. Esperaron a los ganadores de las llaves mencionadas para disputar su pase a la final y al repechaje.