El Reglamento de la Liga3 2026 establece que el torneo se desarrollará en varias etapas: Fase Regional, Fase Nacional y Play-offs. En la Fase Regional los equipos se dividen en grupos y juegan bajo el sistema de todos contra todos.
Los dos últimos de cada grupo descenderán a la Copa Perú 2027, iniciando desde la Etapa Departamental, mientras que el campeón nacional ascenderá directamente a la Liga 2. Se aplican criterios de desempate como diferencia de goles, goles a favor, resultado directo y fair play.
La conformación de los grupos de la Liga3 2026 incluye a clubes de todas las regiones del país, agrupados por departamentos, tal como se detalla en el reglamento oficial (página 140).
Grupos de la Liga3 2026
Grupo A – Norte
- Amazonas: Unión Santo Domingo
- Cajamarca: Cultural Volante
- La Libertad: Juventus FC Huamachuco, U. César Vallejo “B”
- Lambayeque: Carlos Stein, Deportivo Lute, Juan Aurich
- Piura: Juventud Cautivo
- Áncash: Centro Social Pariacoto
Grupo B – Costa Centro
- Lima/Callao: Juventud Huracán de Supe, Amazon Callao FC, Sport Boys “B”, Coopsol, Alianza Lima “B”, Deportivo Municipal, Pacífico FC SMP, Unión Huaral, Universitario “B”, Sporting Cristal “B”
Grupo C – Sierra Centro y Selva
- Ayacucho: Nuevo San Cristóbal
- Huancavelica: Unión Dep. Ascensión – UDA
- Huánuco: Ucayali FC.
- Junín/Lima: ADT “B”, Municipal de Pangoa, ASA FC
- Pasco: Deportivo Ecosem Pasco
- San Martín: Deportivo Ucrania, ADT Tahuishco
Grupo D – Sur y Oriente
- Apurímac: Defensor José María Arguedas
- Arequipa: FBC Melgar “B”, Nacional FBC
- Cusco: Cienciano “B”, Deportivo Valle Sagrado
- Madre de Dios: Club Corazón de León Alto Rendimiento
- Moquegua: FCR San Antonio
- Puno: ANBA – Perú
- Tacna: Deportivo Patriotas