Con el cierre de la Fase Final, la Liga 3 se oficializó las llaves de cuartos de final, que se disputarán en duelos de ida y vuelta, según el reglamento de la FPF. Los partidos de ida se jugarán entre el 27 y 28 de septiembre, mientras que los encuentros de vuelta están programados para el 4 y 5 de octubre.
Los emparejamientos se definieron por posición acumulada y ubicación de grupo. Los equipos que terminaron segundos en sus grupos serán locales en el partido de ida. Las llaves quedaron establecidas de la siguiente manera
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Llaves oficiales – Cuartos de final:
- Llave 1: Estudiantil CNI (1° Grupo A) vs Alianza Lima II (2° Grupo B)
- Llave 2: Universitario II (1° Grupo B) vs Unión Santo Domingo (2° Grupo A)
- Llave 3: FBC Melgar II (1° Grupo C) vs José María Arguedas (2° Grupo D)
- Llave 4: Sport Huancayo II (1° Grupo D) vs Nacional FBC (2° Grupo C)
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Fixture de Cuartos de final
Partidos de ida (27–28 de septiembre)
- Alianza Lima II vs Estudiantil CNI – Estadio Hugo Sotil, Lima
- Unión Santo Domingo vs Universitario II – Estadio Kuélap, Chachapoyas
- José María Arguedas vs FBC Melgar II – Estadio Los Chankas, Andahuaylas
- Nacional FBC vs Sport Huancayo II – Estadio Juan Carlos Oblitas, Mollendo
Partidos de vuelta (4–5 de octubre)
- Estudiantil CNI vs Alianza Lima II – Estadio Max Augustín, Iquitos
- Universitario II vs Unión Santo Domingo – (Por confirmar)
- FBC Melgar II vs José María Arguedas – CAR FBC Melgar, Arequipa
- Sport Huancayo II vs Nacional FBC – Estadio IPD, Huancayo
Semifinales:
Los ganadores de las llaves avanzarán a semifinales, que también se jugarán en duelos de ida y vuelta. El orden de localía en el partido de vuelta será determinado por la Tabla Acumulada Única. Los cruces serán:
- Semifinal 1: Ganador Llave 1 vs Ganador Llave 2
- Semifinal 2: Ganador Llave 3 vs Ganador Llave 4